Trình trạng bạo lực, xâm hại trẻ em có một số nguyên nhân chính: Việc trình báo, tổ cáo các vụ việc bạo lực, xâm hại trẻ em chậm, dẫn tới việc tiếp cận hiện trường , thu thập bằng chứng khó khăn, ảnh hưởng kết quả điều tra, xử lý; Việc tiếp nhận, xử lý thông tin về bạo lực, xâm hại trẻ em chưa kịp thời; Công tác thống kê kết quả xử lý tin tố giác vụ việc còn bất cập; Kỹ năng xử lý thông tin về bạo lực, xâm hại trẻ em còn hạn chế; Gia đình thiếu hợp tác với cơ quan điều tra trong cung cấp chứng cứ. Việc đánh giá tài liệu, chứng cứ giữa các các cơ quan tố tụng thiếu thống nhất, khiến một số vụ việc chưa được xử lý; Quy trình tư pháp khi giải quyết bạo lực, xâm hại trẻ em chưa được thân thiện…