Tình trạng xâm hại tình dục trẻ em có nhiều nguyên nhân, có thể xuất phát từ chính gia đình hoặc cộng đồng xã hội trong việc quản lý, chăm sóc, nuôi dưỡng và giáo dục trẻ em. Phần lớn trẻ em là nạn nhân bị xâm hại đều có hoàn cảnh gia đình đặc biệt, thiếu sự quan tâm yêu thương của cha mẹ, chưa được sự quan tâm của người thân và những người xung quanh nhưng dễ sa ngã, dễ bị các đối tượng xấu dụ dỗ lôi kéo. Đa số những vụ xâm hại tình dục trẻ em đều xảy ra ở địa bàn nông thôn, nhất là ở vùng sâu, vùng xa, khu vực có trình độ dân trí thấp. Hoàn cảnh gia đình của các em rất khó khăn, cha mẹ phải đi làm ăn xa gửi con cho ông bà, chú bác, nuôi dưỡng, chủ quan ít chú ý đến con em mình.
Những kẻ phạm tội thường có quan hệ láng giềng với người bị hại, nhiều trường hợp đối tượng xâm hại trẻ em là những người thân thích trong gia đình, người có nghĩa vụ nuôi dưỡng, giáo dục trẻ em. Hoặc cha mẹ thiếu nhận thức, thiếu kỹ năng chăm sóc trẻ em, nên khi bị xâm hại trẻ không biết bày tỏ với ai, đến khi sự việc bị phát hiện thì trẻ đã bị xâm hại nhiều lần.
Đối với bản thân trẻ, sự hạn chế trong nhận thức của trẻ về các hình thức xâm hại tình dục, sự tò mò khám phá về giới tính, sự thiếu kỹ năng phòng ngừa và tố giác người xâm hại…
Đối với xã hội, hiện tượng xâm hại trẻ em nói chung và xâm hại tình dục nói riêng không phải là điều mới mẻ mà có thể xảy ra ở mọi nơi, mọi lúc và hầu như ai trong số người lớn chúng ta, chủ quan hay khách quan đều biết nhưng thờ ơ hoặc không quan tâm tới vấn đề này. Đặc biệt là vấn đề giáo dục giới tính cũng như giáo dục các em biết cách tự bảo vệ mình còn bị coi nhẹ, chưa chú trọng ngay khi các em đang học mẫu giáo hay tiểu học. Các trường học cũng như các bậc phụ huynh chưa chú trọng giáo dục con biết cách tự bảo vệ mình. Nhà trường hiện nay chủ yếu chú trọng việc dạy chữ hơn, do đó trẻ rất yếu kém trong các kỹ năng tự bảo vệ mình trước nguy cơ xâm hại tình dục của người khác.