Theo Báo cáo của Tòa án nhân dân tối cao về nâng cao hiệu quả công tác đấu tranh phòng, chống tội phạm xâm hại tình dục trẻ em còn có một số nguyên nhân trong quá trình thực hiện, đó là:
Nguyên nhân chủ quan
Bộ luật hình sự năm 2015 quy định một số nội dung còn chung chung, chưa cụ thể, ví dụ như: quy định hành vi quan hệ tình dục khác trong các tội phạm xâm hại tình dục, quy định tội dâm ô đối với người dưới 16 tuổi nhưng không mô tả hành vi khách quan … dẫn đến cái kiểu không thống nhất khi giải quyết vụ án;
Trong một số trường hợp, các cơ quan tiến hành tố tụng còn chưa làm hết trách nhiệm, thiếu sự phối hợp chặt chẽ trong việc truy cứu trách nhiệm hình sự; cơ quan chức năng lấy lý do người bị hại khai báo không nhất quán, chứng cứ dầu vết mờ nên không khởi tố vụ án, khởi tố bị can vì oan, sai;
Công tác phối hợp giữa các cơ quan như Hội phụ nữ, Đoàn thanh niên, nhà trường và gia đình với các cơ quan tiến hành tố tụng trong việc chăm sóc, bảo vệ, tư vấn tâm lý, tư vấn pháp luật cho nạn nhân và gia đình nạn nhân nhiều trường hợp chưa thực sự hiệu quả gây khó khăn trong quá trình giải quyết vụ án.
Nguyên nhân khách quan
Việc phát hiện và chứng minh hành vi phạm tội trong quá trình giải quyết vụ án xâm phạm tình dục phụ thuộc nhiều vào lời khai báo của nạn nhân và trong rất nhiều trường hợp, nhất là nạn nhân là trẻ em do chưa đủ nhận thức để có thể nhận biết đâu là các hành vi xâm hại tình dục, hầu hết nạn nhân đều bị khủng hoảng tâm lý, trầm cảm nặng sau khi bị xâm hại nên không thể trình báo với các cơ quan chức năng, hoặc khai báo không thống nhất. Nhiều gia đình không tố giác tội phạm xuất phát từ tâm lý lo sợ ảnh hưởng đến tương lai con em mình sợ dư luận nên tố giác chậm hoặc không tố giác hành vi phạm tội, người phạm tội đã gây không ít khó khăn cho cơ quan tiến hành tố tụng khi thu thập, đánh giá chứng cứ để giải quyết vụ án.