Công tác nghiên cứu về phòng, chống xâm hại trẻ được các Cấp bộ đoàn đặc biệt chú trọng. Trong năm 2017 và 2018, có 11 đề tài nghiên cứu cấp bộ, cấp cơ sở và các nghiên cứu, điều tra, khảo sát,đánh giá được nghiệm thu, mang lại những giá trị thiết thực, đáp ứng phần nào yêu cầu thực tiễn, đóng góp vào việc nâng cao chất lượng, hiệu quả đối với công tác trẻ em, trong đó có nhiều đề tài nghiên cứu về xâm hại trẻ em như: “Điều tra hành vì nguy cơ xâm hại đối với trẻ em hiện nay”; “Vấn đề xâm hại trẻ em trên môi trường mạng ở Việt Nam hiện nay – Hình thức, nguy cơ và giải pháp phòng ngừa”, “Giải pháp của Đoàn Thanh niên thúc đẩy quyền tham gia của trẻ em trong phòng chống xâm hại trẻ em” ,“Vai trò của Đoàn TNCS Hồ Chí Minh trong giáo dục kỹ năng tự bảo vệ cho thiếu nhi”. Trong năm 2019, Trung ương Đoàn đã chỉ đạo các đơn vị chuyên môn tiến hành nghiên cứu 03 đề tài liên quan đến công tác bảo vệ, chăm sóc, giáo dục trẻ em.